Il più celebre giardino zen è quello di Ryoan-ji, tempio di Kyōto.
Il giardino di ghiaia è stato creato per offrire ai monaci un posto dove meditare, ed è conosciuto per il suo effetto calmante.
Ci sono stati molti tentativi di spiegare il disegno dei giardini zen. Alcuni di questi sono:
* La ghiaia rappresenta l'oceano e le pietre rappresentano le isole del Giappone
* Le rocce rappresentano una mamma tigre con i cuccioli che nuota verso un drago
* Le rocce formano parte del kanji per cuore o mente
Si veda Ryōan-ji per una analisi matematica di un giardino zen
Un recente suggerimento dei ricercatori Gert van Tonder dell'Università di Kyoto e di Michael J. Lyons degli ATR Intelligent Robotics and Communication Labs è che le pietre formino un'immagine subliminale di un albero. Questa immagine non può essere percepita consciamente quando la si guarda; i ricercatori sostengono che la mente subconscia sia in grado di vedere una sottile associazione tra le pietre. Essi ritengono che ciò sia responsabile dell'effetto calmante del giardino.